[Перевод] Цукерберг финансирует: Как «подружить» оптические технологии и биомедицину

image

Чтобы ускорить биомед, создатель Fecebook решил профинансировать Imaging Scientists (ученые, занимающиеся наукой о сборе, хранении, поиске и обработке визуальной информации).

Конфокальная микроскопия фибробластов, которые важны в соединительной ткани. Ядра отмечены синим, актинические волокна красным, а тубулины зеленым. Фото: iStock.com.

Изобретение микроскопа в конце XVI века позволило ученым впервые исследовать микроскопический мир, но ученым потребовалось еще 200 лет, чтобы оценить микроскоп как важный инструмент в клинической медицине. Сегодня изображения молекул, клеток и тканей являются критическим шагом в биомедицинских исследованиях и клинической практике. Однако недостатки в программном обеспечении обработки изображений и в распространении новых технологий микроскопа замедлили прогресс в этой области.

Chan Zuckerberg Initiative (CZI) в прошлом году провели три семинара по теме обработки изображений, которые были направлены на вычислительные инструменты для микроскопии, клеточную и субклеточную визуализацию и визуализацию в мезомасштабе и макромасштабе, соответственно. Мы также посетили семь различных центров обработки изображений в США и Европе. В полученных нами отзывах мы увидели возможность ускорения прогресса в области обработки изображений за счет использования технологической экспертизы, которая стала основой нашего запроса на предоставление информационных систем для ученых, занимающихся наукой о сборе, хранении, поиске и обработке визуальной информации (RFA)
Читать дальше →
[Перевод] Цукерберг финансирует: Как «подружить» оптические технологии и биомедицину
Source: geektimes

Как Яндекс применил компьютерное зрение для повышения качества видеотрансляций. Технология DeepHD

Когда люди ищут в интернете картинку или видео, они часто прибавляют к запросу фразу «в хорошем качестве». Под качеством обычно имеется в виду разрешение — пользователи хотят, чтобы изображение было большим и при этом хорошо выглядело на экране современного компьютера, смартфона или телевизора. Но что делать, если источника в хорошем качестве просто не существует?

Сегодня мы расскажем читателям Хабра о том, как с помощью нейронных сетей нам удается повышать разрешение видео в режиме реального времени. Вы также узнаете, чем отличается теоретический подход к решению этой задачи от практического. Если вам не интересны технические детали, то можно смело пролистать пост – в конце вас ждут примеры нашей работы.

В интернете много видеоконтента в низком качестве и разрешении. Это могут быть фильмы, снятые десятки лет назад, или трансляции тв-каналов, которые по разным причинам проводятся не в лучшем качестве. Когда пользователи растягивают такое видео на весь экран, то изображение становится мутным и нечётким. Идеальным решением для старых фильмов было бы найти оригинал плёнки, отсканировать на современном оборудовании и отреставрировать вручную, но это не всегда возможно. С трансляциями всё ещё сложнее – их нужно обрабатывать в прямом эфире. В связи с этим наиболее приемлемый для нас вариант работы — увеличивать разрешение и вычищать артефакты, используя технологии компьютерного зрения.

Читать дальше →
Как Яндекс применил компьютерное зрение для повышения качества видеотрансляций. Технология DeepHD
Source: geektimes

Международный конгресс астронавтики — как это было в Австралии

С 1 по 5 октября 2018 года в г. Бремен, Германия, пройдет 69-й международный конгресс астронавтики — крупнейшее мероприятие года аэрокосмической отрасли, объединяющее ученых, инженеров и специалистов аэрокосмических агенств всего мира.

Вспомним, где и как проходило это мероприятие в прошлом, 2017 году.

Читать дальше →
Международный конгресс астронавтики — как это было в Австралии
Source: geektimes

DevCore: программная часть проекта DevBoy

Привет, друзья!

С вами снова Николай, в прошлой статье «DevBoy — как я создал проект устройства с открытым исходным кодом и запустил проект на Kickstarter» упор делался больше на внешнем виде и железе, сегодня поговорим о том как это сделано «внутри» и разберем программную часть.

Кому интересно — прошу под кат. Читать дальше →
DevCore: программная часть проекта DevBoy
Source: geektimes

Data mining Pubmed и Pubchem баз медицинской и биохимической информации

PubMed представляет собой более чем 28 миллионов цитированний (абстрактов и названий) биомедицинской литературы из журналов наук о жизни, онлайн книг и MEDLINE. Также цитирование может включать в себя полный текст статей.
Типичный запрос в Пабмед — type 2 diabetes natural compound

Pubchem — база данных более 100 млн химический соединений и 236 млн веществ. Также в базе результаты биоактивности 1.25 млн соединений (например активность соединений против рака или ингибирования конкретного гена).
На данный момент известно о 9 млн органических химических соединений (сложных веществ). Неорганических химических веществ может быть огромное количество — от 10**18

В этой статье я приведу примеры составления списка генов ответственных за плохой прогноз по выживаемости от рака и код поиска органических соединений и их номеров среди всех химических молекул базы ПабЧем. Никакого машинного обучения в этой статье не будет (машинное обучение понадобится в следующих статья по биомаркерам диабета, определения возраста человека по рнк-экспресии, скрининга противораковых веществ)
Читать дальше →
Data mining Pubmed и Pubchem баз медицинской и биохимической информации
Source: geektimes

Data mining Pubmed и Pubchem — баз медицинской и биохимической информации

PubMed представляет собой более чем 28 миллионов цитированний (абстрактов и названий) биомедицинской литературы из журналов наук о жизни, онлайн книг и MEDLINE. Также цитирование может включать в себя полный текст статей. Типичный запрос в Пабмед — type 2 diabetes natural compound

Pubchem — база данных более 100 млн химический соединений и 236 млн веществ. Также в базе результаты биоактивности 1.25 млн соединений (например активность соединений против рака или ингибирования конкретного гена). На данный момент известно о 9 млн органических химических соединений (сложных веществ). Неорганических химических веществ может быть огромное количество — от 10**18

В этой статье я приведу примеры составления списка генов ответственных за плохой прогноз по выживаемости от рака и код поиска органических соединений и их номеров среди всех химических молекул базы ПабЧем. Никакого машинного обучения в этой статье не будет (машинное обучение понадобится в следующих статья по биомаркерам диабета, определения возраста человека по рнк-экспресии, скрининга противораковых веществ).
Читать дальше →
Data mining Pubmed и Pubchem — баз медицинской и биохимической информации
Source: geektimes

Энергия в клетке. Использование и хранение

Всем привет!
Эту статью я хотел посвятить клеточному ядру и ДНК. Но перед этим нужно затронуть то, как клетка хранит и использует энергию (спасибо spidgorny). Мы будем касаться вопросов связанных с энергией почти везде. Давайте заранее в них разберемся.  
Из чего можно получать энергию? Да из всего! Растения используют световую энергию. Некоторые бактерии тоже. То есть органические вещества синтезируются из неорганических за счет световой энергии.
+Есть хемотрофы. Они синтезируют органические вещества из неорганических за счет энергии окисления аммиака, сероводорода и др. веществ.
А есть мы с вами. Мы — гетеротрофы. Кто это такие? Это те, кто не умеет синтезировать органические вещества из неорганических. То есть хемосинтез и фотосинтез, это не для нас. Мы берем готовую органику (съедаем). Разбираем ее на кусочки и либо используем, как строительный материал, либо разрушаем для получения энергии.
Что конкретно мы можем разбирать на энергию? Белки (сначала разбирая их на аминокислоты), жиры, углеводы и этиловый спирт (но это по желанию). То есть все эти вещества могут быть использованы, как источники энергии. Но для ее хранения мы используем жиры и углеводы. Обожаю углеводы! В нашем теле основным запасающим углеводом является гликоген.
Читать дальше →
Энергия в клетке. Использование и хранение
Source: geektimes

Одноступенчатый редуктор с приводом от Шагового Двигателя

В этом посте я хочу рассказать про изготовление при помощи ранее изготовленного мной станка с ЧПУ одноступенчатой прямозубой передачи.

Читать дальше →
Одноступенчатый редуктор с приводом от Шагового Двигателя
Source: geektimes

[Перевод] Чему Uber Cash учит инноваторов

К тому моменту, когда инноваторы впервые задумались об использовании мощи экосистем для преобразования коммерческой сферы, ученые уже несколько веков исследовали связи в различных системах под микроскопами в своих лабораториях.

Биологи хотели разобраться, как защитить экосистему человеческого тела от разрушительного влияния болезней и дать людям долгую здоровую жизнь.

Экологи изучали взаимосвязи между живыми существами и окружающей средой, стремясь улучшить здоровье планеты.

Маринологи, в свою очередь, обращали внимание на экологию Земли и ее влияние на океанические экосистемы, существующие на глубине до нескольких миль.


Источник


Источник

Так и инноваторы желают понять, как их нововведения могут оздоровить и усилить экосистемы в сфере платежей, и вдобавок как избежать краха и не растерять амбиций.

Эта аналогия будет уместна для изучения опыта такого новатора экосистемы платежей и коммерции, как Uber Cash.

Экосистема под другим именем

Какими бы разными ни были стремления ученых и новаторов, их успех часто зависит от решения сложной и на первый взгляд непреодолимой проблемы — поиска баланса, который сохранит здоровье экосистемы.

Для создания и поддержания этого равновесия нужен подход, давным-давно открытый учеными. Все сводится к управлению хрупкой взаимозависимостью между четырьмя элементами, наличие которых присуще всем системам. Читать дальше →
[Перевод] Чему Uber Cash учит инноваторов
Source: geektimes

Серия MicroSD, созданная с чистого холста

Вот казалось — SD-карты памяти. Изобретены лет 20 назад, начали продаваться — чуть позже, эксплуатируются повсеместно, дважды уменьшались в размерах — сперва до Mini-формата, а затем и до Micro. За время жизни выросли по объёму ~ в 2 000 раз, чего ещё желать? Правильно, увеличения скорости работы. И разумных цен. И то, и другое есть у новых линеек Kingston. А ещё в них наконец навели порядок — вместо десятка вариантов осталось всего три. Заманчиво?


Читать дальше →
Серия MicroSD, созданная с чистого холста
Source: geektimes